コード例 #1
0
ファイル: psl.py プロジェクト: ifiddes/pycbio 
 def coverage(self):
     return 100 * format_ratio(self.matches + self.mismatches + self.repmatches, self.q_size)
コード例 #2
0
ファイル: psl.py プロジェクト: ifiddes/pycbio 
 def target_coverage(self):
     return 100 * format_ratio(self.matches + self.mismatches + self.repmatches, self.t_size)
コード例 #3
0
ファイル: psl.py プロジェクト: ifiddes/pycbio 
 def percent_n(self):
     return 100 * format_ratio(self.n_count, self.q_size)
コード例 #4
0
ファイル: psl.py プロジェクト: ifiddes/pycbio 
 def identity(self):
     return 100 * format_ratio(self.matches + self.repmatches,
                               self.matches + self.repmatches + self.mismatches + self.q_num_insert)