Python hamming_distanceの例

コード例 #1

ファイル: test_primer_trim.py プロジェクト: apurvaraman/seqmagick

 def test_ambiguous(self):
     s1 = 'ACYT'
     s2 = 'ACCT'
     self.assertEqual(0, primer_trim.hamming_distance(s1, s2,
         primer_trim._iupac_ambiguous_equal))
     s2 = 'ACTT'
     self.assertEqual(0, primer_trim.hamming_distance(s1, s2,
         primer_trim._iupac_ambiguous_equal))

コード例 #2

 def test_ambiguous(self):
     s1 = 'ACYT'
     s2 = 'ACCT'
     self.assertEqual(
         0,
         primer_trim.hamming_distance(s1, s2,
                                      primer_trim._iupac_ambiguous_equal))
     s2 = 'ACTT'
     self.assertEqual(
         0,
         primer_trim.hamming_distance(s1, s2,
                                      primer_trim._iupac_ambiguous_equal))

コード例 #3

 def test_basic(self):
     s1 = 'ACGT'
     s2 = 'AGGT'
     self.assertEqual(1, primer_trim.hamming_distance(s1, s2))

コード例 #4

 def test_all_different(self):
     s1 = 'test'
     s2 = 'ACGT'
     self.assertEqual(4, primer_trim.hamming_distance(s1, s2))

コード例 #5

 def test_no_difference(self):
     s1 = s2 = 'test'
     self.assertEqual(0, primer_trim.hamming_distance(s1, s2))

コード例 #6

ファイル: test_primer_trim.py プロジェクト: apurvaraman/seqmagick

 def test_basic(self):
     s1 = 'ACGT'
     s2 = 'AGGT'
     self.assertEqual(1, primer_trim.hamming_distance(s1, s2))

コード例 #7

ファイル: test_primer_trim.py プロジェクト: apurvaraman/seqmagick

 def test_all_different(self):
     s1 = 'test'
     s2 = 'ACGT'
     self.assertEqual(4, primer_trim.hamming_distance(s1, s2))

コード例 #8

ファイル: test_primer_trim.py プロジェクト: apurvaraman/seqmagick

 def test_no_difference(self):
     s1 = s2 = 'test'
     self.assertEqual(0, primer_trim.hamming_distance(s1, s2))