Exemplos de hamming_distance em Python

Exemplo n.º 1

Arquivo: test_primer_trim.py Projeto: apurvaraman/seqmagick

 def test_ambiguous(self):
     s1 = 'ACYT'
     s2 = 'ACCT'
     self.assertEqual(0, primer_trim.hamming_distance(s1, s2,
         primer_trim._iupac_ambiguous_equal))
     s2 = 'ACTT'
     self.assertEqual(0, primer_trim.hamming_distance(s1, s2,
         primer_trim._iupac_ambiguous_equal))

Exemplo n.º 2

 def test_ambiguous(self):
     s1 = 'ACYT'
     s2 = 'ACCT'
     self.assertEqual(
         0,
         primer_trim.hamming_distance(s1, s2,
                                      primer_trim._iupac_ambiguous_equal))
     s2 = 'ACTT'
     self.assertEqual(
         0,
         primer_trim.hamming_distance(s1, s2,
                                      primer_trim._iupac_ambiguous_equal))

Exemplo n.º 3

 def test_basic(self):
     s1 = 'ACGT'
     s2 = 'AGGT'
     self.assertEqual(1, primer_trim.hamming_distance(s1, s2))

Exemplo n.º 4

 def test_all_different(self):
     s1 = 'test'
     s2 = 'ACGT'
     self.assertEqual(4, primer_trim.hamming_distance(s1, s2))

Exemplo n.º 5

 def test_no_difference(self):
     s1 = s2 = 'test'
     self.assertEqual(0, primer_trim.hamming_distance(s1, s2))

Exemplo n.º 6

Arquivo: test_primer_trim.py Projeto: apurvaraman/seqmagick

 def test_basic(self):
     s1 = 'ACGT'
     s2 = 'AGGT'
     self.assertEqual(1, primer_trim.hamming_distance(s1, s2))

Exemplo n.º 7

Arquivo: test_primer_trim.py Projeto: apurvaraman/seqmagick

 def test_all_different(self):
     s1 = 'test'
     s2 = 'ACGT'
     self.assertEqual(4, primer_trim.hamming_distance(s1, s2))

Exemplo n.º 8

Arquivo: test_primer_trim.py Projeto: apurvaraman/seqmagick

 def test_no_difference(self):
     s1 = s2 = 'test'
     self.assertEqual(0, primer_trim.hamming_distance(s1, s2))