コード例 #1
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ファイル: tasks.py プロジェクト: xypan1232/treeCl 
def fast_calc_distances_task(alignment_file):
    rec = Alignment(alignment_file, 'phylip', True)
    rec.fast_compute_distances()
    result = dict(distances=rec.get_distances().tolist(),
                  variances=rec.get_variances().tolist(),
                  tree=rec.get_bionj_tree())
    return result
コード例 #2
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ファイル: tasks.py プロジェクト: xypan1232/treeCl 
def fast_calc_distances_task(alignment_file):
    rec = Alignment(alignment_file, 'phylip', True)
    rec.fast_compute_distances()
    result = dict(distances=rec.get_distances().tolist(),
                  variances=rec.get_variances().tolist(),
                  tree=rec.get_bionj_tree())
    return result
コード例 #3
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ファイル: concatenation.py プロジェクト: xypan1232/treeCl 
 def alignment(self):
     al = Alignment([self.collection[i] for i in self.indices])
     al.fast_compute_distances()
     return al
コード例 #4
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 def alignment(self):
     al = Alignment([self.collection[i] for i in self.indices])
     al.fast_compute_distances()
     return al