Exemplos de Alignment.fast_compute_distances em Python

Exemplo n.º 1

Arquivo: tasks.py Projeto: xypan1232/treeCl

def fast_calc_distances_task(alignment_file):
    rec = Alignment(alignment_file, 'phylip', True)
    rec.fast_compute_distances()
    result = dict(distances=rec.get_distances().tolist(),
                  variances=rec.get_variances().tolist(),
                  tree=rec.get_bionj_tree())
    return result

Exemplo n.º 2

Arquivo: tasks.py Projeto: xypan1232/treeCl

def fast_calc_distances_task(alignment_file):
    rec = Alignment(alignment_file, 'phylip', True)
    rec.fast_compute_distances()
    result = dict(distances=rec.get_distances().tolist(),
                  variances=rec.get_variances().tolist(),
                  tree=rec.get_bionj_tree())
    return result

Exemplo n.º 3

Arquivo: concatenation.py Projeto: xypan1232/treeCl

 def alignment(self):
     al = Alignment([self.collection[i] for i in self.indices])
     al.fast_compute_distances()
     return al

Exemplo n.º 4

 def alignment(self):
     al = Alignment([self.collection[i] for i in self.indices])
     al.fast_compute_distances()
     return al