Python Word2Geo.insert_geo 예제들

예제 #1

파일: test_get_pubmed_words.py 프로젝트: phonybone/trends

    def test_insert_geo(self):
        dataset=Dataset('GDS987').populate()
        Word2Geo.insert_geo(dataset)
        
        w2gs=list(Word2Geo.mongo().find({'geo_id': dataset.geo_id}))

        self.assertEqual(len(w2gs), 249)

예제 #2

파일: test_get_pubmed_words.py 프로젝트: phonybone/trends

    def test_insert_geo(self):
        dataset = Dataset('GDS987').populate()
        Word2Geo.insert_geo(dataset)

        w2gs = list(Word2Geo.mongo().find({'geo_id': dataset.geo_id}))

        self.assertEqual(len(w2gs), 249)

예제 #3

파일: test_insert_geo.py 프로젝트: phonybone/trends

 def test_insert_GSE10072(self):
     series=Series('GSE10072').populate()
     Word2Geo.insert_geo(series)

예제 #4

import sys, os
sys.path.append(os.path.join(os.environ['AUREA_HOME'], 'src'))
sys.path.append(os.path.join(os.environ['TRENDS_HOME'], 'pylib'))

import GEO
from GEO.word2geo import Word2Geo
from warn import *

for cls in [
        GEO.Series.Series, GEO.Dataset.Dataset, GEO.DatasetSubset.DatasetSubset
]:
    #for cls in [GEO.Series.Series, GEO.Dataset.Dataset]:
    cursor = cls.mongo().find()
    for record in cursor:
        geo = cls(record)
        warn("inserting %s" % (geo.geo_id))
        Word2Geo.insert_geo(geo)
        break

예제 #5

파일: test_insert_geo.py 프로젝트: phonybone/trends

 def test_insert_GSE10072(self):
     series = Series('GSE10072').populate()
     Word2Geo.insert_geo(series)

예제 #6

파일: word2geo.py 프로젝트: phonybone/trends

import sys, os
sys.path.append(os.path.join(os.environ['AUREA_HOME'], 'src'))
sys.path.append(os.path.join(os.environ['TRENDS_HOME'], 'pylib'))

import GEO
from GEO.word2geo import Word2Geo
from warn import *

for cls in [GEO.Series.Series, GEO.Dataset.Dataset, GEO.DatasetSubset.DatasetSubset]:
#for cls in [GEO.Series.Series, GEO.Dataset.Dataset]:
    cursor=cls.mongo().find()
    for record in cursor:
        geo=cls(record)
        warn("inserting %s" % (geo.geo_id))
        Word2Geo.insert_geo(geo)
        break