Exemplos de Transcript.get_codon_from_pos em Python

Exemplo n.º 1

Arquivo: test_transcript.py Projeto: wassermanlab/GeneBreaker

 def test_get_codon_negative_hard(self):
     SOX18_uid = get_all_transcripts("SOX18",
                                     "grch38")[0]["qualifiers"]["uid"]
     SOX18 = Transcript(SOX18_uid, "grch38")
     codon = SOX18.get_codon_from_pos(64048168)
     self.assertEqual(codon[0], "GGC")
     self.assertEqual(codon[1], 2)
     self.assertEqual(codon[2], -1)

Exemplo n.º 2

Arquivo: test_transcript.py Projeto: wassermanlab/GeneBreaker

 def test_get_codon_positive_medium(self):
     XKR8_uid = get_all_transcripts("XKR8",
                                    "grch38")[0]["qualifiers"]["uid"]
     XKR8 = Transcript(XKR8_uid, "grch38")
     codon = XKR8.get_codon_from_pos(27963497)
     self.assertEqual(codon[0], "TGC")
     self.assertEqual(codon[1], 0)
     self.assertEqual(codon[2], 1)