Exemplos de index_picard em Python

Exemplo n.º 1

Arquivo: genomes.py Projeto: pombredanne/cloudbiolinux

def _index_sam(ref_file):
    (ref_dir, local_file) = os.path.split(ref_file)
    with cd(ref_dir):
        if not env.safe_exists("%s.fai" % local_file):
            env.safe_run("samtools faidx %s" % local_file)
    galaxy.index_picard(ref_file)
    return ref_file

Exemplo n.º 2

def _index_sam(env, ref_file):
    (ref_dir, local_file) = os.path.split(ref_file)
    with shared.chdir(ref_dir):
        if not os.path.exists("%s.fai" % local_file):
            subprocess.check_call("samtools faidx %s" % local_file, shell=True)
    galaxy.index_picard(ref_file)
    return ref_file

Exemplo n.º 3

Arquivo: genomes.py Projeto: vallurumk/cloudbiolinux

def _index_sam(ref_file):
    (ref_dir, local_file) = os.path.split(ref_file)
    with cd(ref_dir):
        if not env.safe_exists("%s.fai" % local_file):
            env.safe_run("samtools faidx %s" % local_file)
    galaxy.index_picard(ref_file)
    return ref_file

Exemplo n.º 4

Arquivo: genomes.py Projeto: chapmanb/cloudbiolinux

def _index_sam(env, ref_file):
    (ref_dir, local_file) = os.path.split(ref_file)
    with shared.chdir(ref_dir):
        if not os.path.exists("%s.fai" % local_file):
            subprocess.check_call("samtools faidx %s" % local_file, shell=True)
    galaxy.index_picard(ref_file)
    return ref_file