def _index_sam(ref_file): (ref_dir, local_file) = os.path.split(ref_file) with cd(ref_dir): if not env.safe_exists("%s.fai" % local_file): env.safe_run("samtools faidx %s" % local_file) galaxy.index_picard(ref_file) return ref_file
def _index_sam(env, ref_file): (ref_dir, local_file) = os.path.split(ref_file) with shared.chdir(ref_dir): if not os.path.exists("%s.fai" % local_file): subprocess.check_call("samtools faidx %s" % local_file, shell=True) galaxy.index_picard(ref_file) return ref_file