Exemplos de getCCSBAM em Python

Exemplo n.º 1

Arquivo: test_pbdataset_subtypes.py Projeto: vrainish-pacbio/pbcore

 def test_ccsset_from_bam(self):
     # DONE bug 28698
     ds1 = ConsensusReadSet(upstreamData.getCCSBAM(), strict=False)
     fn = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".consensusreadset.xml").name
     log.debug(fn)
     ds1.write(fn, validate=False)
     ds1.write(fn)

Exemplo n.º 2

 def test_ccsset_from_bam(self):
     # DONE bug 28698
     ds1 = ConsensusReadSet(upstreamData.getCCSBAM(), strict=False)
     fn = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".consensusreadset.xml").name
     log.debug(fn)
     ds1.write(fn, validate=False)
     ds1.write(fn)

Exemplo n.º 3

Arquivo: test_pbcore_io_AlnFileReaders.py Projeto: PacificBiosciences/pbcore

 def setup_class(self):
     self.f = BamReader(data.getCCSBAM())

Exemplo n.º 4

Arquivo: test_pbcore_io_AlnFileReaders.py Projeto: jrharting/pbcore

 def __init__(self):
     self.f = BamReader(data.getCCSBAM())

Exemplo n.º 5

Arquivo: test_pbcore_io_AlnFileReaders.py Projeto: John-cookcrab/pbcore

 def setup_class(cls):
     cls.f = BamReader(data.getCCSBAM())