###############################################################################
# Ecology genotype counts
###############################################################################
ECO_DICT = OrderedDict(
(('WA', (('W', locusA), )), ('P', (('P', locusA), )),
('M', (('M', locusA), )), ('WB', (('W', locusB), )),
('G', (('G', locusB), )), ('B', (('B', locusB), )), ('R', (('R',
locusB), ))))
CRS_ECO = monet.geneFrequencies(ECO_DICT, genotypes)
###############################################################################
# Health genotype counts
###############################################################################
HLT_DICT = OrderedDict((('H*', (('G', locusB), )),
('O-', (('W', locusB), ('B', locusB), ('R', locusB)))))
CRS_HLT = monet.carrierFrequencies(HLT_DICT, genotypes)
###############################################################################
# Trash genotype counts
###############################################################################
TRS_DICT = OrderedDict(
(('C*', (('P', locusA), ('M', locusA))), ('O-', (('W', locusA), ))))
CRS_TRS = monet.carrierFrequencies(TRS_DICT, genotypes)
###############################################################################
# Wild genotype counts
###############################################################################
WLD_DICT = OrderedDict((('O*', (('B', locusB), ('R', locusB), ('G', locusB))),
('W-', (('W', locusB), ))))
CRS_WLD = monet.carrierFrequencies(WLD_DICT, genotypes)
ECO_DICT = OrderedDict((
('W', (('W', locA), )),
('P', (('P', locA), )),
('M', (('M', locA), )),
('R', (('R', locB), )),
('B', (('B', locB), )),
('G', (('G', locB), )),
))
TGD_ECO = monet.geneFrequencies(ECO_DICT, genotypes)
###############################################################################
# Health genotype counts
###############################################################################
HLT_DICT = OrderedDict(
(('G*', (('G', locB), )), ('O-', (('W', locB), ('R', locB), ('B', locB)))))
TGD_HLT = monet.carrierFrequencies(HLT_DICT, genotypes)
###############################################################################
# Trash genotype counts
###############################################################################
TRS_DICT = OrderedDict((('C*', (('P', locA), ('M', locA))),
('O-', (('W', locA), ('R', locA), ('B', locA)))))
# TGD_TRS = monet.carrierFrequencies(TRS_DICT, genotypes)
TGD_TRS = monet.geneFrequencies(TRS_DICT, genotypes)
###############################################################################
# Wild genotype counts
###############################################################################
WLD_DICT = OrderedDict((('O*', (('P', locA), ('M', locA), ('R', locA),
('B', locA))), ('W-', (('W', locA), ))))
TGD_WLD = monet.carrierFrequencies(WLD_DICT, genotypes)
###############################################################################
# Ecology genotype counts
###############################################################################
ECO_DICT = OrderedDict((('WA', (('W', locusA), )), ('WB', (('W', locusB), )),
('H', (('H', locusF), )), ('C', (('C', locusF), )),
('R', (('R', locusF), )), ('B', (('B', locusF), ))))
ASD_ECO = monet.geneFrequencies(ECO_DICT, genotypes)
###############################################################################
# Health genotype counts
###############################################################################
HLT_DICT = OrderedDict(
(('H*', (('H', locusB), )), ('O-', (('W', locusB), ('R', locusB),
('B', locusB), ('C', locusB)))))
ASD_HLT = monet.carrierFrequencies(HLT_DICT, genotypes)
###############################################################################
# Trash genotype counts
###############################################################################
TRS_DICT = OrderedDict(
(('C*', (('C', locusA), )), ('O-', (('W', locusA), ('R', locusA),
('B', locusA), ('H', locusA)))))
ASD_TRS = monet.carrierFrequencies(TRS_DICT, genotypes)
###############################################################################
# Wild genotype counts
###############################################################################
WLD_DICT = OrderedDict((('O*', (('H', locusA), ('R', locusA), ('B', locusA),
('C', locusA))), ('W-', (('W', locusA), ))))
ASD_WLD = monet.carrierFrequencies(WLD_DICT, genotypes, invert=False)
genotypes = ('WW', 'WH', 'WR', 'WB', 'HH', 'HR', 'HB', 'RR', 'RB', 'BB')
locus = (0, 1)
###############################################################################
# Ecology genotype counts
###############################################################################
ECO_DICT = OrderedDict((('W', (('W', locus), )), ('H', (('H', locus), )),
('R', (('R', locus), )), ('B', (('B', locus), ))))
LDR_ECO = monet.geneFrequencies(ECO_DICT, genotypes)
LDR_ECO
###############################################################################
# Health genotype counts
###############################################################################
HLT_DICT = OrderedDict((('H*', (('H', locus), )),
('O-', (('W', locus), ('R', locus), ('B', locus)))))
LDR_HLT = monet.carrierFrequencies(HLT_DICT, genotypes)
###############################################################################
# Trash genotype counts
###############################################################################
TRS_DICT = OrderedDict((('RB*', (('R', locus), ('B', locus))),
('O-', (('H', locus), ('W', locus)))))
# LDR_TRS = monet.carrierFrequencies(TRS_DICT, genotypes)
LDR_TRS = monet.geneFrequencies(TRS_DICT, genotypes)
###############################################################################
# Wild genotype counts
###############################################################################
WLD_DICT = OrderedDict((('O*', (('R', locus), ('B', locus), ('H', locus))),
('W-', (('W', locus), ))))
LDR_WLD = monet.carrierFrequencies(WLD_DICT, genotypes, invert=False)
