############################################################################### # Ecology genotype counts ############################################################################### ECO_DICT = OrderedDict( (('WA', (('W', locusA), )), ('P', (('P', locusA), )), ('M', (('M', locusA), )), ('WB', (('W', locusB), )), ('G', (('G', locusB), )), ('B', (('B', locusB), )), ('R', (('R', locusB), )))) CRS_ECO = monet.geneFrequencies(ECO_DICT, genotypes) ############################################################################### # Health genotype counts ############################################################################### HLT_DICT = OrderedDict((('H*', (('G', locusB), )), ('O-', (('W', locusB), ('B', locusB), ('R', locusB))))) CRS_HLT = monet.carrierFrequencies(HLT_DICT, genotypes) ############################################################################### # Trash genotype counts ############################################################################### TRS_DICT = OrderedDict( (('C*', (('P', locusA), ('M', locusA))), ('O-', (('W', locusA), )))) CRS_TRS = monet.carrierFrequencies(TRS_DICT, genotypes) ############################################################################### # Wild genotype counts ############################################################################### WLD_DICT = OrderedDict((('O*', (('B', locusB), ('R', locusB), ('G', locusB))), ('W-', (('W', locusB), )))) CRS_WLD = monet.carrierFrequencies(WLD_DICT, genotypes)
ECO_DICT = OrderedDict(( ('W', (('W', locA), )), ('P', (('P', locA), )), ('M', (('M', locA), )), ('R', (('R', locB), )), ('B', (('B', locB), )), ('G', (('G', locB), )), )) TGD_ECO = monet.geneFrequencies(ECO_DICT, genotypes) ############################################################################### # Health genotype counts ############################################################################### HLT_DICT = OrderedDict( (('G*', (('G', locB), )), ('O-', (('W', locB), ('R', locB), ('B', locB))))) TGD_HLT = monet.carrierFrequencies(HLT_DICT, genotypes) ############################################################################### # Trash genotype counts ############################################################################### TRS_DICT = OrderedDict((('C*', (('P', locA), ('M', locA))), ('O-', (('W', locA), ('R', locA), ('B', locA))))) # TGD_TRS = monet.carrierFrequencies(TRS_DICT, genotypes) TGD_TRS = monet.geneFrequencies(TRS_DICT, genotypes) ############################################################################### # Wild genotype counts ############################################################################### WLD_DICT = OrderedDict((('O*', (('P', locA), ('M', locA), ('R', locA), ('B', locA))), ('W-', (('W', locA), )))) TGD_WLD = monet.carrierFrequencies(WLD_DICT, genotypes)
############################################################################### # Ecology genotype counts ############################################################################### ECO_DICT = OrderedDict((('WA', (('W', locusA), )), ('WB', (('W', locusB), )), ('H', (('H', locusF), )), ('C', (('C', locusF), )), ('R', (('R', locusF), )), ('B', (('B', locusF), )))) ASD_ECO = monet.geneFrequencies(ECO_DICT, genotypes) ############################################################################### # Health genotype counts ############################################################################### HLT_DICT = OrderedDict( (('H*', (('H', locusB), )), ('O-', (('W', locusB), ('R', locusB), ('B', locusB), ('C', locusB))))) ASD_HLT = monet.carrierFrequencies(HLT_DICT, genotypes) ############################################################################### # Trash genotype counts ############################################################################### TRS_DICT = OrderedDict( (('C*', (('C', locusA), )), ('O-', (('W', locusA), ('R', locusA), ('B', locusA), ('H', locusA))))) ASD_TRS = monet.carrierFrequencies(TRS_DICT, genotypes) ############################################################################### # Wild genotype counts ############################################################################### WLD_DICT = OrderedDict((('O*', (('H', locusA), ('R', locusA), ('B', locusA), ('C', locusA))), ('W-', (('W', locusA), )))) ASD_WLD = monet.carrierFrequencies(WLD_DICT, genotypes, invert=False)
genotypes = ('WW', 'WH', 'WR', 'WB', 'HH', 'HR', 'HB', 'RR', 'RB', 'BB') locus = (0, 1) ############################################################################### # Ecology genotype counts ############################################################################### ECO_DICT = OrderedDict((('W', (('W', locus), )), ('H', (('H', locus), )), ('R', (('R', locus), )), ('B', (('B', locus), )))) LDR_ECO = monet.geneFrequencies(ECO_DICT, genotypes) LDR_ECO ############################################################################### # Health genotype counts ############################################################################### HLT_DICT = OrderedDict((('H*', (('H', locus), )), ('O-', (('W', locus), ('R', locus), ('B', locus))))) LDR_HLT = monet.carrierFrequencies(HLT_DICT, genotypes) ############################################################################### # Trash genotype counts ############################################################################### TRS_DICT = OrderedDict((('RB*', (('R', locus), ('B', locus))), ('O-', (('H', locus), ('W', locus))))) # LDR_TRS = monet.carrierFrequencies(TRS_DICT, genotypes) LDR_TRS = monet.geneFrequencies(TRS_DICT, genotypes) ############################################################################### # Wild genotype counts ############################################################################### WLD_DICT = OrderedDict((('O*', (('R', locus), ('B', locus), ('H', locus))), ('W-', (('W', locus), )))) LDR_WLD = monet.carrierFrequencies(WLD_DICT, genotypes, invert=False)