import shutil import logging as L import os import sys import glob import re import PipelineDada2 as PipelineDada2 ################################################### ################################################### ################################################### # Pipeline configuration ################################################### # load options from the config file P.get_parameters(["pipeline.yml"]) PARAMS = P.PARAMS ################################################### ################################################### ################################################### INFILES = glob.glob("*.fastq.1.gz") OUTFILES = ["filtered.dir/" + x for x in INFILES] # check the existence of paired files if PARAMS["paired"] == 1: for infile in INFILES: second_in_pair = P.snip(infile, ".fastq.1.gz") + ".fastq.2.gz" assert os.path.exists(