import shutil
import logging as L
import os
import sys
import glob
import re
import PipelineDada2 as PipelineDada2
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# Pipeline configuration
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# load options from the config file
P.get_parameters(["pipeline.yml"])
PARAMS = P.PARAMS
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INFILES = glob.glob("*.fastq.1.gz")
OUTFILES = ["filtered.dir/" + x for x in INFILES]
# check the existence of paired files
if PARAMS["paired"] == 1:
for infile in INFILES:
second_in_pair = P.snip(infile, ".fastq.1.gz") + ".fastq.2.gz"
assert os.path.exists(
