Python get_mapper_options示例

示例#1

文件： map_frame.py 项目： jrderuiter/genemap

def register(subparsers):
    parser = subparsers.add_parser('map_frame')

    mapper_subparser = parser.add_subparsers(dest='mapper')
    mapper_subparser.required = True

    for mapper_name in available_mappers():
        # Create mapper parser.
        mapper_parser = mapper_subparser.add_parser(mapper_name)

        # Add default options.
        mapper_parser.add_argument('--from_type', required=True)
        mapper_parser.add_argument('--to_type', required=True)

        # Add i/o options.
        mapper_parser.add_argument('input')
        mapper_parser.add_argument('output')

        # Add mapper specific options.
        opt_func = get_mapper_options(mapper_name)
        opt_func(mapper_parser)

    parser.set_defaults(main=main)

    return parser

示例#2

文件： map_ids.py 项目： jrderuiter/genemap

def register(subparsers):
    parser = subparsers.add_parser('map_ids')
    
    mapper_subparser = parser.add_subparsers(dest='mapper')
    mapper_subparser.required = True

    for mapper_name in available_mappers():
        # Create mapper parser.
        mapper_parser = mapper_subparser.add_parser(mapper_name)

        # Add default options.
        mapper_parser.add_argument('--from_type', required=True)
        mapper_parser.add_argument('--to_type', required=True)

        # Add i/o options.
        mapper_parser.add_argument('--input', type=argparse.FileType('r'))
        mapper_parser.add_argument('--output', default=None)

        # Add gene id list.
        mapper_parser.add_argument('gene_id', nargs='*')

        # Option to print as map.
        mapper_parser.add_argument('--as_map', default=False,
                                   action='store_true')

        # Add mapper specific options.
        opt_func = get_mapper_options(mapper_name)
        opt_func(mapper_parser)

    parser.set_defaults(main=main)

    return parser