Python load_prots_from_fasta Beispiele

Beispiel #1

Datei: corum.py Projekt: marcottelab/infer_complexes

def load_havug_cxs(convert_ensg=True):
    fname = ut.proj_path('havug_cxs')
    u2e = ut.dict_inverse_sets(ut.load_dict_sets(
        '../../data/convert/Hs2Hs_uni.tab'))
    hcxs = ut.load_list_of_type(fname,set)
    if convert_ensg:
        hcxs = convert_complexes([(i,c) for i,c in
            enumerate(hcxs)], u2e,
            seqs.load_prots_from_fasta('../../data/sequences/canon/Hs.fasta'))
    return hcxs

Beispiel #2

Datei: count_orthologs.py Projekt: marcottelab/infer_complexes

def all_genes(sp):
    ps = seqs.load_prots_from_fasta('../../data/sequences/canon/%s.fasta' % sp)
    return ps