Ejemplo n.º 1
0
    def test_color(self):
        self.color.method = COLOR_COLOR
        self.assertEqual(self.color.method, COLOR_COLOR)
        self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {'color': 1})
        self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'ColorID 1')

        self.color.set_parameters(color=3)
        self.assertEqual(self.color.method, COLOR_COLOR)
        self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {'color': 3})
        self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'ColorID 3')
Ejemplo n.º 2
0
    def test_volume(self):
        self.color.method = COLOR_VOLUME
        self.assertEqual(self.color.method, COLOR_VOLUME)
        self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {'volume_id': 0})
        self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Volume 0')

        self.color.set_parameters(volume_id=42)
        self.assertEqual(self.color.method, COLOR_VOLUME)
        self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {'volume_id': 42})
        self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Volume 42')
Ejemplo n.º 3
0
    def test_volume(self):
        self.color.method = COLOR_VOLUME
        self.assertEqual(self.color.method, COLOR_VOLUME)
        self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {'volume_id': 0})
        self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Volume 0')

        self.color.set_parameters(volume_id=42)
        self.assertEqual(self.color.method, COLOR_VOLUME)
        self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {'volume_id': 42})
        self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Volume 42')
Ejemplo n.º 4
0
    def test_color(self):
        self.color.method = COLOR_COLOR
        self.assertEqual(self.color.method, COLOR_COLOR)
        self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {'color': 1})
        self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'ColorID 1')

        self.color.set_parameters(color=3)
        self.assertEqual(self.color.method, COLOR_COLOR)
        self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {'color': 3})
        self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'ColorID 3')
Ejemplo n.º 5
0
    def test_method(self):
        color = Color(self.rep)
        self.assertEqual(color.method, COLOR_NAME)

        color.method = COLOR_TYPE
        self.assertEqual(color.method, COLOR_TYPE)
        self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Type')
Ejemplo n.º 6
0
 def test_pos_z(self):
     self.color.method = COLOR_POS_Z
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_POS_Z)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'PosZ')
Ejemplo n.º 7
0
 def test_fragment(self):
     self.color.method = COLOR_FRAGMENT
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_FRAGMENT)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Fragment')
Ejemplo n.º 8
0
 def test_pos_z(self):
     self.color.method = COLOR_POS_Z
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_POS_Z)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'PosZ')
Ejemplo n.º 9
0
 def test_mass(self):
     self.color.method = COLOR_MASS
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_MASS)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Mass')
Ejemplo n.º 10
0
 def test_restype(self):
     self.color.method = COLOR_RESTYPE
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_RESTYPE)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'ResType')
Ejemplo n.º 11
0
 def test_conformation(self):
     self.color.method = COLOR_CONFORMATION
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_CONFORMATION)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Conformation')
Ejemplo n.º 12
0
 def test_physical_time(self):
     self.color.method = COLOR_PHYSICAL_TIME
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_PHYSICAL_TIME)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'PhysicalTime')
Ejemplo n.º 13
0
 def test_velocity(self):
     self.color.method = COLOR_VELOCITY
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_VELOCITY)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Velocity')
Ejemplo n.º 14
0
 def test_backbone(self):
     self.color.method = COLOR_BACKBONE
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_BACKBONE)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Backbone')
Ejemplo n.º 15
0
 def test_throb(self):
     self.color.method = COLOR_THROB
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_THROB)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Throb')
Ejemplo n.º 16
0
 def test_index(self):
     self.color.method = COLOR_INDEX
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_INDEX)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Index')
Ejemplo n.º 17
0
 def test_fragment(self):
     self.color.method = COLOR_FRAGMENT
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_FRAGMENT)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Fragment')
Ejemplo n.º 18
0
 def test_user_4(self):
     self.color.method = COLOR_USER_4
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_USER_4)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'User4')
Ejemplo n.º 19
0
 def test_backbone(self):
     self.color.method = COLOR_BACKBONE
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_BACKBONE)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Backbone')
Ejemplo n.º 20
0
 def test_timestep(self):
     self.color.method = COLOR_TIMESTEP
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_TIMESTEP)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Timestep')
Ejemplo n.º 21
0
 def test_physical_time(self):
     self.color.method = COLOR_PHYSICAL_TIME
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_PHYSICAL_TIME)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'PhysicalTime')
Ejemplo n.º 22
0
 def test_velocity(self):
     self.color.method = COLOR_VELOCITY
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_VELOCITY)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Velocity')
Ejemplo n.º 23
0
 def test_element(self):
     self.color.method = COLOR_ELEMENT
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_ELEMENT)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Element')
Ejemplo n.º 24
0
 def test_mass(self):
     self.color.method = COLOR_MASS
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_MASS)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Mass')
Ejemplo n.º 25
0
 def test_chain(self):
     self.color.method = COLOR_CHAIN
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_CHAIN)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Chain')
Ejemplo n.º 26
0
 def test_element(self):
     self.color.method = COLOR_ELEMENT
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_ELEMENT)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Element')
Ejemplo n.º 27
0
 def test_structure(self):
     self.color.method = COLOR_STRUCTURE
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_STRUCTURE)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Structure')
Ejemplo n.º 28
0
 def test_resname(self):
     self.color.method = COLOR_RESNAME
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_RESNAME)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'ResName')
Ejemplo n.º 29
0
 def test_occupancy(self):
     self.color.method = COLOR_OCCUPANCY
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_OCCUPANCY)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Occupancy')
Ejemplo n.º 30
0
 def test_restype(self):
     self.color.method = COLOR_RESTYPE
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_RESTYPE)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'ResType')
Ejemplo n.º 31
0
 def test_charge(self):
     self.color.method = COLOR_CHARGE
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_CHARGE)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Charge')
Ejemplo n.º 32
0
 def test_resid(self):
     self.color.method = COLOR_RESID
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_RESID)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'ResID')
Ejemplo n.º 33
0
 def test_user_4(self):
     self.color.method = COLOR_USER_4
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_USER_4)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'User4')
Ejemplo n.º 34
0
 def test_chain(self):
     self.color.method = COLOR_CHAIN
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_CHAIN)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Chain')
Ejemplo n.º 35
0
 def test_index(self):
     self.color.method = COLOR_INDEX
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_INDEX)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Index')
Ejemplo n.º 36
0
 def test_segname(self):
     self.color.method = COLOR_SEGNAME
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_SEGNAME)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'SegName')
Ejemplo n.º 37
0
 def test_throb(self):
     self.color.method = COLOR_THROB
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_THROB)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Throb')
Ejemplo n.º 38
0
 def test_conformation(self):
     self.color.method = COLOR_CONFORMATION
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_CONFORMATION)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Conformation')
Ejemplo n.º 39
0
 def test_timestep(self):
     self.color.method = COLOR_TIMESTEP
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_TIMESTEP)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Timestep')
Ejemplo n.º 40
0
 def test_molecule(self):
     self.color.method = COLOR_MOLECULE
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_MOLECULE)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Molecule')
Ejemplo n.º 41
0
 def test_beta(self):
     self.color.method = COLOR_BETA
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_BETA)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Beta')
Ejemplo n.º 42
0
 def test_structure(self):
     self.color.method = COLOR_STRUCTURE
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_STRUCTURE)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Structure')
Ejemplo n.º 43
0
 def test_resname(self):
     self.color.method = COLOR_RESNAME
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_RESNAME)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'ResName')
Ejemplo n.º 44
0
 def test_occupancy(self):
     self.color.method = COLOR_OCCUPANCY
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_OCCUPANCY)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Occupancy')
Ejemplo n.º 45
0
 def test_resid(self):
     self.color.method = COLOR_RESID
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_RESID)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'ResID')
Ejemplo n.º 46
0
 def _get_method(self):
     raw_color = _molrep.get_color(self.representation.molecule.molid,
                                   self.representation.repindex)
     return _parse_raw_color(raw_color)[0]
Ejemplo n.º 47
0
 def test_segname(self):
     self.color.method = COLOR_SEGNAME
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_SEGNAME)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'SegName')
Ejemplo n.º 48
0
 def test_set_parameters(self):
     color = Color(self.rep)
     color.method = COLOR_COLOR
     color.set_parameters(color=4)
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'ColorID 4')
     self.assertEqual(color.get_parameters(), {'color': 4})
Ejemplo n.º 49
0
 def test_molecule(self):
     self.color.method = COLOR_MOLECULE
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_MOLECULE)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Molecule')
Ejemplo n.º 50
0
 def test_beta(self):
     self.color.method = COLOR_BETA
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_BETA)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Beta')
Ejemplo n.º 51
0
 def _get_method(self):
     raw_color = _molrep.get_color(self.representation.molecule.molid, self.representation.repindex)
     return _parse_raw_color(raw_color)[0]
Ejemplo n.º 52
0
 def test_charge(self):
     self.color.method = COLOR_CHARGE
     self.assertEqual(self.color.method, COLOR_CHARGE)
     self.assertEqual(self.color.get_parameters(), {})
     self.assertEqual(_molrep.get_color(self.molid, 0), 'Charge')
Ejemplo n.º 53
0
 def get_parameters(self):
     """Returns coloring parameters"""
     raw_color = _molrep.get_color(self.representation.molecule.molid,
                                   self.representation.repindex)
     return _parse_raw_color(raw_color)[1]
Ejemplo n.º 54
0
 def get_parameters(self):
     """Returns coloring parameters"""
     raw_color = _molrep.get_color(self.representation.molecule.molid, self.representation.repindex)
     return _parse_raw_color(raw_color)[1]