Ejemplos de naive_approximate en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_dnaseq.py Proyecto: wonder-mice/sandbox

	def test_one_approximate_match(self):
		occurrences = dnaseq.naive_approximate("ACTTACTTGATAAAGT", "ACTTTA", 2)
		self.assertEqual([0, 4], occurrences)

Ejemplo n.º 2

Archivo: test_dnaseq.py Proyecto: wonder-mice/sandbox

	def test_no_match(self):
		occurrences = dnaseq.naive_approximate("AAAAAA", "CCC", 2)
		self.assertEqual([], occurrences)

Ejemplo n.º 3

Archivo: test_dnaseq.py Proyecto: wonder-mice/sandbox

	def test_one_match(self):
		occurrences = dnaseq.naive_approximate("CCATCC", "ATG", 2)
		self.assertEqual([2], occurrences)

Ejemplo n.º 4

Archivo: test_dnaseq.py Proyecto: zacshi/sandbox

 def test_one_approximate_match(self):
     occurrences = dnaseq.naive_approximate("ACTTACTTGATAAAGT", "ACTTTA", 2)
     self.assertEqual([0, 4], occurrences)

Ejemplo n.º 5

Archivo: test_dnaseq.py Proyecto: zacshi/sandbox

 def test_one_match(self):
     occurrences = dnaseq.naive_approximate("CCATCC", "ATG", 2)
     self.assertEqual([2], occurrences)

Ejemplo n.º 6

Archivo: test_dnaseq.py Proyecto: zacshi/sandbox

 def test_no_match(self):
     occurrences = dnaseq.naive_approximate("AAAAAA", "CCC", 2)
     self.assertEqual([], occurrences)

Ejemplo n.º 7

def question_06():
	occurrences = dnaseq.naive_approximate(lambda_virus, "AGGAGGTT", 2)
	print "question_06: %i" % occurrences[0]

Ejemplo n.º 8

def question_05():
	occurrences = dnaseq.naive_approximate(lambda_virus, "TTCAAGCC", 2)
	print "question_05: %i" % len(occurrences)