コード例 #1
0
ファイル: test_dnaseq.py プロジェクト: wonder-mice/sandbox 
	def test_one_approximate_match(self):
		occurrences = dnaseq.naive_approximate("ACTTACTTGATAAAGT", "ACTTTA", 2)
		self.assertEqual([0, 4], occurrences)
コード例 #2
0
ファイル: test_dnaseq.py プロジェクト: wonder-mice/sandbox 
	def test_no_match(self):
		occurrences = dnaseq.naive_approximate("AAAAAA", "CCC", 2)
		self.assertEqual([], occurrences)
コード例 #3
0
ファイル: test_dnaseq.py プロジェクト: wonder-mice/sandbox 
	def test_one_match(self):
		occurrences = dnaseq.naive_approximate("CCATCC", "ATG", 2)
		self.assertEqual([2], occurrences)
コード例 #4
0
ファイル: test_dnaseq.py プロジェクト: zacshi/sandbox 
 def test_one_approximate_match(self):
     occurrences = dnaseq.naive_approximate("ACTTACTTGATAAAGT", "ACTTTA", 2)
     self.assertEqual([0, 4], occurrences)
コード例 #5
0
ファイル: test_dnaseq.py プロジェクト: zacshi/sandbox 
 def test_one_match(self):
     occurrences = dnaseq.naive_approximate("CCATCC", "ATG", 2)
     self.assertEqual([2], occurrences)
コード例 #6
0
ファイル: test_dnaseq.py プロジェクト: zacshi/sandbox 
 def test_no_match(self):
     occurrences = dnaseq.naive_approximate("AAAAAA", "CCC", 2)
     self.assertEqual([], occurrences)
コード例 #7
0
def question_06():
	occurrences = dnaseq.naive_approximate(lambda_virus, "AGGAGGTT", 2)
	print "question_06: %i" % occurrences[0]
コード例 #8
0
def question_05():
	occurrences = dnaseq.naive_approximate(lambda_virus, "TTCAAGCC", 2)
	print "question_05: %i" % len(occurrences)