Ejemplos de files_have_min_reads en Python

Ejemplo n.º 1

 def validate_input_files(self):
     if not count.files_have_min_reads(self.input_files_local[0][0:2], 1):
         self.input_file_error = InputFileErrors.INSUFFICIENT_READS

Ejemplo n.º 2

Archivo: run_idseq_dedup.py Proyecto: chanzuckerberg/idseq-workflows

 def validate_input_files(self):
     if not count.files_have_min_reads(self.input_files_local[0], 2):
         raise InsufficientReadsError(
             "Insufficient reads before idseq-dedup")

Ejemplo n.º 3

 def validate_input_files(self):
     if not count.files_have_min_reads(self.input_files_local[0][0:2], 1):
         raise InsufficientReadsError("Insufficient reads")

Ejemplo n.º 4

Archivo: run_alignment_remotely.py Proyecto: eamanu/idseq-dag

 def validate_input_files(self):
     # first two files are gsnap_filter_1.fa and gsnap_filter_2.fa
     if not count.files_have_min_reads(self.input_files_local[0][:-1], 1):
         self.input_file_error = InputFileErrors.INSUFFICIENT_READS

Ejemplo n.º 5

 def validate_input_files(self):
     # first two files are gsnap_filter_1.fa and gsnap_filter_2.fa
     if not count.files_have_min_reads(self.input_files_local[0][:-1], 1):
         raise InsufficientReadsError("Insufficient reads")

Ejemplo n.º 6

Archivo: run_bowtie2.py Proyecto: jonason91/idseq-workflows

 def validate_input_files(self):
     if not count.files_have_min_reads(self.input_fas(), 1):
         raise InsufficientReadsError("Insufficient reads before bowtie2")