Ejemplos de fast_cdist en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_metrics.py Proyecto: dvanatta/msmbuilder

 def test_russellrao(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='russellrao')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='russellrao')
     eq(reference, testing)

Ejemplo n.º 2

Archivo: test_metrics.py Proyecto: dvanatta/msmbuilder

 def test_sokalsneath(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='sokalsneath')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='sokalsneath')
     eq(reference, testing)

Ejemplo n.º 3

 def test_mahalanobis_2(self):
     VI = np.random.randn(self.Xd1.shape[0], self.Xd1.shape[0])
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='mahalanobis', VI=VI)
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='mahalanobis', VI=VI)
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 4

Archivo: test_metrics.py Proyecto: dvanatta/msmbuilder

 def test_dice(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='dice')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='dice')
     eq(reference, testing)

Ejemplo n.º 5

Archivo: test_metrics.py Proyecto: jimsnyderjr/msmbuilder

 def test_canberra(self):
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='canberra')
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='canberra')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 6

Archivo: test_metrics.py Proyecto: jimsnyderjr/msmbuilder

 def test_dice(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='dice')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='dice')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 7

 def test_hamming_2(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='hamming')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='hamming')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 8

Archivo: test_metrics.py Proyecto: jimsnyderjr/msmbuilder

 def test_sqeuclidean(self):
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='sqeuclidean')
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='sqeuclidean')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 9

 def test_sqeuclidean(self):
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='sqeuclidean')
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='sqeuclidean')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 10

 def test_chebychev(self):
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='chebychev')
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='chebychev')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 11

 def test_correlation(self):
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='correlation')
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='correlation')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 12

 def test_cityblock(self):
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='cityblock')
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='cityblock')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 13

 def test_minkowski(self):
     p = np.random.randint(10)
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='minkowski', p=p)
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='minkowski', p=p)
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 14

Archivo: test_metrics.py Proyecto: jimsnyderjr/msmbuilder

 def test_mahalanobis_2(self):
     VI = np.random.randn(self.Xd1.shape[0], self.Xd1.shape[0])
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='mahalanobis', VI=VI)
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='mahalanobis', VI=VI)
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 15

 def test_jaccard_2(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='jaccard')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='jaccard')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 16

Archivo: test_metrics.py Proyecto: jimsnyderjr/msmbuilder

 def test_cityblock(self):
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='cityblock')
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='cityblock')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 17

 def test_canberra(self):
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='canberra')
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='canberra')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 18

Archivo: test_metrics.py Proyecto: jimsnyderjr/msmbuilder

 def test_hamming_2(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='hamming')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='hamming')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 19

 def test_braycurtis(self):
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='braycurtis')
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='braycurtis')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 20

Archivo: test_metrics.py Proyecto: jimsnyderjr/msmbuilder

 def test_matching(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='matching')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='matching')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 21

 def test_matching(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='matching')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='matching')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 22

Archivo: test_metrics.py Proyecto: jimsnyderjr/msmbuilder

 def test_russellrao(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='russellrao')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='russellrao')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 23

 def test_kulsinski(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='kulsinski')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='kulsinski')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 24

Archivo: test_metrics.py Proyecto: dvanatta/msmbuilder

 def test_kulsinski(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='kulsinski')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='kulsinski')
     eq(reference, testing)

Ejemplo n.º 25

 def test_dice(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='dice')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='dice')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 26

Archivo: test_metrics.py Proyecto: dvanatta/msmbuilder

 def test_rogerstanimoto(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='rogerstanimoto')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='rogerstanimoto')
     eq(reference, testing)

Ejemplo n.º 27

 def test_rogerstanimoto(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='rogerstanimoto')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='rogerstanimoto')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 28

Archivo: test_metrics.py Proyecto: dvanatta/msmbuilder

 def test_sokalmichener(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='sokalmichener')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='sokalmichener')
     eq(reference, testing)

Ejemplo n.º 29

 def test_russellrao(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='russellrao')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='russellrao')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 30

Archivo: test_metrics.py Proyecto: jimsnyderjr/msmbuilder

 def test_seuclidean_2(self):
     V = np.random.randn(self.Xd1.shape[1])
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='seuclidean', V=V)
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='seuclidean', V=V)
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 31

 def test_sokalsneath(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='sokalsneath')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='sokalsneath')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 32

Archivo: test_metrics.py Proyecto: jimsnyderjr/msmbuilder

 def test_minkowski(self):
     p = np.random.randint(10)
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='minkowski', p=p)
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='minkowski', p=p)
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 33

Archivo: test_metrics.py Proyecto: dvanatta/msmbuilder

 def test_sqeuclidean(self):
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='sqeuclidean')
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='sqeuclidean')
     eq(reference, testing)

Ejemplo n.º 34

Archivo: test_metrics.py Proyecto: jimsnyderjr/msmbuilder

 def test_correlation(self):
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='correlation')
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='correlation')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 35

Archivo: test_metrics.py Proyecto: dvanatta/msmbuilder

 def test_chebychev(self):
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='chebychev')
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='chebychev')
     eq(reference, testing)

Ejemplo n.º 36

Archivo: test_metrics.py Proyecto: jimsnyderjr/msmbuilder

 def test_chebychev(self):
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='chebychev')
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='chebychev')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 37

Archivo: test_metrics.py Proyecto: dvanatta/msmbuilder

 def test_hamming_2(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='hamming')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='hamming')
     eq(reference, testing)

Ejemplo n.º 38

Archivo: test_metrics.py Proyecto: jimsnyderjr/msmbuilder

 def test_jaccard_2(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='jaccard')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='jaccard')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 39

Archivo: test_metrics.py Proyecto: dvanatta/msmbuilder

 def test_jaccard_2(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='jaccard')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='jaccard')
     eq(reference, testing)

Ejemplo n.º 40

Archivo: test_metrics.py Proyecto: jimsnyderjr/msmbuilder

 def test_braycurtis(self):
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='braycurtis')
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='braycurtis')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 41

Archivo: test_metrics.py Proyecto: dvanatta/msmbuilder

 def test_canberra(self):
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='canberra')
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='canberra')
     eq(reference, testing)

Ejemplo n.º 42

Archivo: test_metrics.py Proyecto: jimsnyderjr/msmbuilder

 def test_kulsinski(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='kulsinski')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='kulsinski')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 43

Archivo: test_metrics.py Proyecto: dvanatta/msmbuilder

 def test_braycurtis(self):
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='braycurtis')
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='braycurtis')
     eq(reference, testing)

Ejemplo n.º 44

Archivo: test_metrics.py Proyecto: jimsnyderjr/msmbuilder

 def test_rogerstanimoto(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='rogerstanimoto')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='rogerstanimoto')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 45

Archivo: test_metrics.py Proyecto: dvanatta/msmbuilder

 def test_matching(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='matching')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='matching')
     eq(reference, testing)

Ejemplo n.º 46

Archivo: test_metrics.py Proyecto: jimsnyderjr/msmbuilder

 def test_sokalsneath(self):
     reference = cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='sokalsneath')
     testing = fast_cdist(self.Xb1, self.Xb2, metric='sokalsneath')
     npt.assert_array_equal(reference, testing)

Ejemplo n.º 47

 def test_seuclidean_2(self):
     V = np.random.randn(self.Xd1.shape[1])
     reference = cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='seuclidean', V=V)
     testing = fast_cdist(self.Xd1, self.Xd2, metric='seuclidean', V=V)
     npt.assert_array_equal(reference, testing)