from SphinxReport.Tracker import *
from SphinxReport.odict import OrderedDict as odict
# get from config file
UCSC_DATABASE = "hg19"
EXPORTDIR = "export"
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# Run configuration script
from SphinxReport.Utils import PARAMS as P
EXPORTDIR = P.get('medip_exportdir', P.get('exportdir', 'export'))
DATADIR = P.get('medip_datadir', P.get('datadir', '.'))
DATABASE = P.get('medip_backend', P.get('sql_backend', 'sqlite:///./csvdb'))
###################################################################
# cf. pipeline_medip.py
# This should be automatically gleaned from pipeline_chipseq.py
###################################################################
import Pipeline
PARAMS_PIPELINE = Pipeline.peekParameters(".",
"pipeline_medip.py")
import PipelineTracks
Sample = PipelineTracks.Sample3
import re
import types
import itertools
import glob
from SphinxReport.Tracker import *
###################################################################
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###################################################################
# Run configuration script
from SphinxReport.Utils import PARAMS as P
EXPORTDIR = P.get('windows_exportdir', P.get('exportdir', 'export'))
DATADIR = P.get('windows_datadir', P.get('datadir', '.'))
DATABASE = P.get('windows_backend', P.get('sql_backend', 'sqlite:///./csvdb'))
###########################################################################
###########################################################################
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class ProjectTracker(TrackerSQL):
'''Define convenience tracks for plots'''
def __init__(self, *args, **kwargs):
TrackerSQL.__init__(self, *args, backend=DATABASE, **kwargs)
class PicardDuplicatesMetrics(ProjectTracker, SingleTableTrackerRows):
import itertools
import glob
from SphinxReport.Tracker import *
from SphinxReport.Utils import PARAMS as P
from collections import OrderedDict as odict
import CGAT.IOTools as IOTools
import CGAT.Stats as Stats
from SphinxReport.ResultBlock import ResultBlock, ResultBlocks
from SphinxReport import Utils
###################################################################
###################################################################
# parameterization
EXPORTDIR = P.get('intervals_exportdir',
P.get('exportdir', 'export'))
DATADIR = P.get('intervals_datadir',
P.get('datadir', '.'))
DATABASE = P.get('intervals_backend',
P.get('sql_backend', 'sqlite:///./csvdb'))
class IntervalTracker(TrackerSQL):
'''Define convenience tracks for plots'''
def __init__(self, *args, **kwargs):
TrackerSQL.__init__(self, *args, backend=DATABASE, **kwargs)
import re
import types
import itertools
import glob
from SphinxReport.Tracker import *
###################################################################
###################################################################
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# Run configuration script
from SphinxReport.Utils import PARAMS as P
EXPORTDIR = P.get("windows_exportdir", P.get("exportdir", "export"))
DATADIR = P.get("windows_datadir", P.get("datadir", "."))
DATABASE = P.get("windows_backend", P.get("sql_backend", "sqlite:///./csvdb"))
###########################################################################
###########################################################################
###########################################################################
class ProjectTracker(TrackerSQL):
"""Define convenience tracks for plots"""
def __init__(self, *args, **kwargs):
TrackerSQL.__init__(self, *args, backend=DATABASE, **kwargs)
import os
import sys
import re
import types
import itertools
import glob
from SphinxReport.Tracker import *
from SphinxReport.Utils import PARAMS as P
from collections import OrderedDict as odict
EXPORTDIR = P.get('motifs_exportdir',
P.get('report_exportdir', "export"))
DATADIR = P.get('motifs_datadir',
P.get('report_datadir', "."))
DATABASE = P.get('motifs_backend',
P.get('report_backend', "sqlite:///./csvdb"))
class IntervalTracker(TrackerSQL):
'''Define convenience tracks for plots'''
def __init__(self, *args, **kwargs):
TrackerSQL.__init__(self,
*args,
backend=DATABASE,
**kwargs)
from SphinxReport.Utils import PARAMS as P
from collections import OrderedDict as odict
# get from config file
UCSC_DATABASE = P["genome"]
ENSEMBL_DATABASE = P["ensembl_database"]
RX_ENSEMBL_GENE = re.compile(P["ensembl_gene_prefix"])
RX_ENSEMBL_TRANSCRIPT = re.compile(P["ensembl_transcript_prefix"])
REFERENCE = "refcoding"
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###################################################################
# parameterization
EXPORTDIR = P.get('rnaseqdiffexpression_exportdir',
P.get('exportdir', 'export'))
DATADIR = P.get('rnaseqdiffexpression_datadir', P.get('datadir', '.'))
DATABASE = P.get('rnaseqdiffexpression_backend',
P.get('sql_backend', 'sqlite:///./csvdb'))
DATABASE_ANNOTATIONS = P['annotations_database']
###################################################################
# cf. pipeline_rnaseq.py
# This should be automatically gleaned from pipeline_rnaseq.py
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import CGATPipelines.PipelineTracks as PipelineTracks
TRACKS = PipelineTracks.Tracks(PipelineTracks.Sample).loadFromDirectory(
glob.glob("%s/*.bam" % DATADIR), "(\S+).bam")
from SphinxReport.Utils import PARAMS as P
from collections import OrderedDict as odict
# get from config file
UCSC_DATABASE = P["genome"]
ENSEMBL_DATABASE = P["ensembl_database"]
RX_ENSEMBL_GENE = re.compile(P["ensembl_gene_prefix"])
RX_ENSEMBL_TRANSCRIPT = re.compile(P["ensembl_transcript_prefix"])
REFERENCE = "refcoding"
###################################################################
###################################################################
# parameterization
EXPORTDIR = P.get(
'rnaseqdiffexpression_exportdir', P.get('exportdir', 'export'))
DATADIR = P.get('rnaseqdiffexpression_datadir', P.get('datadir', '.'))
DATABASE = P.get('rnaseqdiffexpression_backend', P.get(
'sql_backend', 'sqlite:///./csvdb'))
DATABASE_ANNOTATIONS = P['annotations_database']
###################################################################
# cf. pipeline_rnaseq.py
# This should be automatically gleaned from pipeline_rnaseq.py
###################################################################
import CGATPipelines.PipelineTracks as PipelineTracks
TRACKS = PipelineTracks.Tracks(PipelineTracks.Sample).loadFromDirectory(
glob.glob("%s/*.bam" % DATADIR), "(\S+).bam")