Python PARAMS示例

示例#1

文件： MedipReport.py 项目： jmadzo/cgat

from SphinxReport.Tracker import *
from SphinxReport.odict import OrderedDict as odict

# get from config file
UCSC_DATABASE = "hg19"
EXPORTDIR = "export"

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# Run configuration script

from SphinxReport.Utils import PARAMS as P
EXPORTDIR = P.get('medip_exportdir', P.get('exportdir', 'export'))
DATADIR = P.get('medip_datadir', P.get('datadir', '.'))
DATABASE = P.get('medip_backend', P.get('sql_backend', 'sqlite:///./csvdb'))

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# cf. pipeline_medip.py
# This should be automatically gleaned from pipeline_chipseq.py
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import Pipeline
PARAMS_PIPELINE = Pipeline.peekParameters(".",
                                          "pipeline_medip.py")

import PipelineTracks

Sample = PipelineTracks.Sample3

示例#2

文件： MedipReport.py 项目： lesheng/cgat

import re
import types
import itertools
import glob

from SphinxReport.Tracker import *

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# Run configuration script

from SphinxReport.Utils import PARAMS as P

EXPORTDIR = P.get('windows_exportdir', P.get('exportdir', 'export'))
DATADIR = P.get('windows_datadir', P.get('datadir', '.'))
DATABASE = P.get('windows_backend', P.get('sql_backend', 'sqlite:///./csvdb'))

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class ProjectTracker(TrackerSQL):
    '''Define convenience tracks for plots'''
    def __init__(self, *args, **kwargs):
        TrackerSQL.__init__(self, *args, backend=DATABASE, **kwargs)


class PicardDuplicatesMetrics(ProjectTracker, SingleTableTrackerRows):

示例#3

文件： IntervalReport.py 项目： jmadzo/cgat

import itertools
import glob

from SphinxReport.Tracker import *
from SphinxReport.Utils import PARAMS as P
from collections import OrderedDict as odict

import CGAT.IOTools as IOTools
import CGAT.Stats as Stats

from SphinxReport.ResultBlock import ResultBlock, ResultBlocks
from SphinxReport import Utils

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# parameterization
EXPORTDIR = P.get('intervals_exportdir',
                  P.get('exportdir', 'export'))
DATADIR = P.get('intervals_datadir',
                P.get('datadir', '.'))
DATABASE = P.get('intervals_backend',
                 P.get('sql_backend', 'sqlite:///./csvdb'))


class IntervalTracker(TrackerSQL):

    '''Define convenience tracks for plots'''

    def __init__(self, *args, **kwargs):
        TrackerSQL.__init__(self, *args, backend=DATABASE, **kwargs)

示例#4

文件： MedipReport.py 项目： jmadzo/cgat

import re
import types
import itertools
import glob

from SphinxReport.Tracker import *

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# Run configuration script

from SphinxReport.Utils import PARAMS as P

EXPORTDIR = P.get("windows_exportdir", P.get("exportdir", "export"))
DATADIR = P.get("windows_datadir", P.get("datadir", "."))
DATABASE = P.get("windows_backend", P.get("sql_backend", "sqlite:///./csvdb"))

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class ProjectTracker(TrackerSQL):

    """Define convenience tracks for plots"""

    def __init__(self, *args, **kwargs):
        TrackerSQL.__init__(self, *args, backend=DATABASE, **kwargs)

示例#5

文件： IntervalReport.py 项目： jmadzo/cgat

import os
import sys
import re
import types
import itertools
import glob

from SphinxReport.Tracker import *
from SphinxReport.Utils import PARAMS as P
from collections import OrderedDict as odict

EXPORTDIR = P.get('motifs_exportdir',
                  P.get('report_exportdir', "export"))
DATADIR = P.get('motifs_datadir',
                P.get('report_datadir', "."))
DATABASE = P.get('motifs_backend',
                 P.get('report_backend', "sqlite:///./csvdb"))


class IntervalTracker(TrackerSQL):
    '''Define convenience tracks for plots'''

    def __init__(self, *args, **kwargs):
        TrackerSQL.__init__(self,
                            *args,
                            backend=DATABASE,
                            **kwargs)

示例#6

from SphinxReport.Utils import PARAMS as P
from collections import OrderedDict as odict

# get from config file
UCSC_DATABASE = P["genome"]
ENSEMBL_DATABASE = P["ensembl_database"]
RX_ENSEMBL_GENE = re.compile(P["ensembl_gene_prefix"])
RX_ENSEMBL_TRANSCRIPT = re.compile(P["ensembl_transcript_prefix"])

REFERENCE = "refcoding"

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# parameterization

EXPORTDIR = P.get('rnaseqdiffexpression_exportdir',
                  P.get('exportdir', 'export'))
DATADIR = P.get('rnaseqdiffexpression_datadir', P.get('datadir', '.'))
DATABASE = P.get('rnaseqdiffexpression_backend',
                 P.get('sql_backend', 'sqlite:///./csvdb'))

DATABASE_ANNOTATIONS = P['annotations_database']

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# cf. pipeline_rnaseq.py
# This should be automatically gleaned from pipeline_rnaseq.py
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import CGATPipelines.PipelineTracks as PipelineTracks

TRACKS = PipelineTracks.Tracks(PipelineTracks.Sample).loadFromDirectory(
    glob.glob("%s/*.bam" % DATADIR), "(\S+).bam")

示例#7

文件： RnaseqDiffExpressionReport.py 项目： jmadzo/cgat

from SphinxReport.Utils import PARAMS as P
from collections import OrderedDict as odict

# get from config file
UCSC_DATABASE = P["genome"]
ENSEMBL_DATABASE = P["ensembl_database"]
RX_ENSEMBL_GENE = re.compile(P["ensembl_gene_prefix"])
RX_ENSEMBL_TRANSCRIPT = re.compile(P["ensembl_transcript_prefix"])

REFERENCE = "refcoding"

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# parameterization

EXPORTDIR = P.get(
    'rnaseqdiffexpression_exportdir', P.get('exportdir', 'export'))
DATADIR = P.get('rnaseqdiffexpression_datadir', P.get('datadir', '.'))
DATABASE = P.get('rnaseqdiffexpression_backend', P.get(
    'sql_backend', 'sqlite:///./csvdb'))

DATABASE_ANNOTATIONS = P['annotations_database']

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# cf. pipeline_rnaseq.py
# This should be automatically gleaned from pipeline_rnaseq.py
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import CGATPipelines.PipelineTracks as PipelineTracks

TRACKS = PipelineTracks.Tracks(PipelineTracks.Sample).loadFromDirectory(
    glob.glob("%s/*.bam" % DATADIR), "(\S+).bam")