def test_getQualityTrimmedFlowgram(self): """getQualityTrimmedFlowgram trims the flowgram correctly""" f = Flowgram('0.5 1.0 4.1 0.0 0.0 1.23 0.0 3.1', Name='a', floworder="TACG", header_info={ 'Bases': 'TACCCCAGGG', 'Clip Qual Right': 7, 'Flow Indexes': "1\t2\t3\t3\t3\t3\t6\t8\t8\t8" }) trimmed = f.getQualityTrimmedFlowgram() self.assertEqual(trimmed.toSeq(), "TACCCCA") self.assertEqual(str(trimmed), "0.5\t1.0\t4.1\t0.0\t0.0\t1.23") # tests on real data flow1 = self.flows[0] flow2 = self.flows[1] flow1_trimmed = flow1.getQualityTrimmedFlowgram() self.assertEqual( str(flow1_trimmed), "1.06 0.08 1.04 0.08 0.05 0.94 0.10 2.01 0.10 0.07 0.96 0.09 1.04 1.96 1.07 0.10 1.01 0.13 0.08 1.01 1.06 1.83 2.89 0.18 0.96 0.13 0.99 0.11 1.94 0.12 0.13 1.92 0.21 0.07 0.94 0.17 0.03 0.97 2.76 0.15 0.05 1.02 1.14 0.10 0.98 2.54 1.13 0.96 0.15 0.21 1.90 0.16 0.07 1.78 0.22 0.07 0.93 0.22 0.97 0.08 2.02 0.15 0.19 1.02 0.19 0.09 1.02 0.17 0.99 0.09 0.18 1.84 0.16 0.91 0.10 1.10 1.00 0.20 0.09 1.11 3.01 1.07 1.98 0.14 0.22 1.09 0.17 1.99 0.15 0.20 0.92 0.17 0.07 1.01 2.96 0.15 0.07 1.06 0.20 1.00 0.10 0.12 1.00 0.15 0.08 1.90 0.19 0.10 0.99 0.18 0.09 0.99 1.08 0.15 0.07 1.06 0.14 1.84 0.13 0.11 0.95 1.05 0.13 1.04 1.10 0.18 0.94 0.14 0.10 0.97" ) self.assertEqual( flow1_trimmed.Bases, "tcagGCTAACTGTAACCCTCTTGGCACCCACTAAACGCCAATCTTGCTGGAGTGTTTACCAGGCACCCAGCAATGTGAATAGTCA" ) flow2_trimmed = flow2.getQualityTrimmedFlowgram() self.assertEqual( str(flow2_trimmed), "1.04 0.00 1.01 0.00 0.00 1.00 0.00 1.00 0.00 1.05 0.00 0.91 0.10 1.07 0.95 1.01 0.00 0.06 0.93 0.02 0.03 1.06 1.18 0.09 1.00 0.05 0.90 0.11 0.07 1.99 0.11 0.02 1.96 1.04 0.13 0.01 2.83 0.10 1.97 0.06 0.11 1.04 0.13 0.03 0.98 1.15 0.07 1.00 0.07 0.08 0.98 0.11 1.92 0.05 0.04 2.96 1.02 1.02 0.04 0.93 1.00 0.13 0.04 1.00 1.03 0.08 0.97 0.13 0.11 1.88 0.09 0.05 1.02 1.89 0.07 0.11 0.98 0.05 0.07 1.01 0.08 0.05 1.01 0.13 1.00 0.07 0.10 1.04 0.10 0.04 0.98 0.12 1.03 0.96 0.11 0.07 1.00 0.09 0.03 1.03 0.11 1.95 1.06 0.13 0.05 1.00 0.13 0.11 1.00 0.09 0.03 2.89 0.08 0.95 0.09 1.03 1.02 1.05 1.07 0.08 0.12 2.81 0.08 0.08 1.00 1.07 0.07 0.05 1.86 0.12 0.98 0.06 2.00 0.11 1.02 0.11 0.08 1.88 0.13 1.03 0.13 0.98 0.15 0.11 1.03 1.03 1.04 0.18 0.98 0.13 0.15 1.04 0.11 1.01 0.13 0.06 1.01 0.06 1.02 0.08 0.99 0.14 0.99 0.09 0.05 1.09 0.04 0.07 2.96 0.09 2.03 0.13 2.96 1.13 0.08 1.03 0.07 0.99 0.11 0.05 1.05 1.04 0.09 0.07 1.00 1.03 0.09 0.06 1.06 1.04 2.94 0.18 0.06 0.93 0.10 1.10 0.11 2.02 0.17 1.00 1.03 0.06 0.11 0.96 0.04 3.00 0.11 0.07 1.99 0.10 2.03 0.12 0.97 0.16 0.01 2.09 0.14 1.04 0.16 0.06 1.03 0.14 1.12 0.12 0.05 0.96 1.01 0.10 0.14 0.94 0.03 0.12 1.10 0.92 0.09 1.10 1.04 1.02 0.12 0.97 2.00 0.15 1.08 0.04 1.03 1.04 0.03 0.09 5.16 1.02 0.09 0.13 2.66 0.09 0.05 1.06 0.07 0.89 0.05 0.12 1.10 0.16 0.06 1.01 0.13 1.00 0.14 0.98 0.09 2.92 1.28 0.03 2.95 0.98 0.16 0.08 0.95 0.96 1.09 0.08 1.07 1.01 0.16 0.06 4.52 0.12 1.03 0.07 0.09 1.03 0.14 0.03 1.01 1.99" ) self.assertEqual( flow2_trimmed.Bases, "tcagAGACGCACTCAATTATTTCCATAGCTTGGGTAGTGTCAATAATGCTGCTATGAACATGGGAGTACAAATATTCTTCAAGATACTGATCTCATTTCCTTTAGATATATACCCAGAAGTGAAATTCCTGGATCACATAGTAGTTCTATTTTTATTTGATGAGAAACTTTATACTATTTTTCATAA" )
def test_getQualityTrimmedFlowgram(self): """getQualityTrimmedFlowgram trims the flowgram correctly""" f = Flowgram('0.5 1.0 4.1 0.0 0.0 1.23 0.0 3.1', Name = 'a', floworder = "TACG", header_info = {'Bases':'TACCCCAGGG', 'Clip Qual Right': 7, 'Flow Indexes': "1\t2\t3\t3\t3\t3\t6\t8\t8\t8"}) trimmed = f.getQualityTrimmedFlowgram() self.assertEqual(trimmed.toSeq(), "TACCCCA") self.assertEqual(str(trimmed), "0.5\t1.0\t4.1\t0.0\t0.0\t1.23") # tests on real data flow1 = self.flows[0] flow2 = self.flows[1] flow1_trimmed = flow1.getQualityTrimmedFlowgram() self.assertEqual(str(flow1_trimmed), "1.06 0.08 1.04 0.08 0.05 0.94 0.10 2.01 0.10 0.07 0.96 0.09 1.04 1.96 1.07 0.10 1.01 0.13 0.08 1.01 1.06 1.83 2.89 0.18 0.96 0.13 0.99 0.11 1.94 0.12 0.13 1.92 0.21 0.07 0.94 0.17 0.03 0.97 2.76 0.15 0.05 1.02 1.14 0.10 0.98 2.54 1.13 0.96 0.15 0.21 1.90 0.16 0.07 1.78 0.22 0.07 0.93 0.22 0.97 0.08 2.02 0.15 0.19 1.02 0.19 0.09 1.02 0.17 0.99 0.09 0.18 1.84 0.16 0.91 0.10 1.10 1.00 0.20 0.09 1.11 3.01 1.07 1.98 0.14 0.22 1.09 0.17 1.99 0.15 0.20 0.92 0.17 0.07 1.01 2.96 0.15 0.07 1.06 0.20 1.00 0.10 0.12 1.00 0.15 0.08 1.90 0.19 0.10 0.99 0.18 0.09 0.99 1.08 0.15 0.07 1.06 0.14 1.84 0.13 0.11 0.95 1.05 0.13 1.04 1.10 0.18 0.94 0.14 0.10 0.97") self.assertEqual(flow1_trimmed.Bases, "tcagGCTAACTGTAACCCTCTTGGCACCCACTAAACGCCAATCTTGCTGGAGTGTTTACCAGGCACCCAGCAATGTGAATAGTCA") flow2_trimmed = flow2.getQualityTrimmedFlowgram() self.assertEqual(str(flow2_trimmed), "1.04 0.00 1.01 0.00 0.00 1.00 0.00 1.00 0.00 1.05 0.00 0.91 0.10 1.07 0.95 1.01 0.00 0.06 0.93 0.02 0.03 1.06 1.18 0.09 1.00 0.05 0.90 0.11 0.07 1.99 0.11 0.02 1.96 1.04 0.13 0.01 2.83 0.10 1.97 0.06 0.11 1.04 0.13 0.03 0.98 1.15 0.07 1.00 0.07 0.08 0.98 0.11 1.92 0.05 0.04 2.96 1.02 1.02 0.04 0.93 1.00 0.13 0.04 1.00 1.03 0.08 0.97 0.13 0.11 1.88 0.09 0.05 1.02 1.89 0.07 0.11 0.98 0.05 0.07 1.01 0.08 0.05 1.01 0.13 1.00 0.07 0.10 1.04 0.10 0.04 0.98 0.12 1.03 0.96 0.11 0.07 1.00 0.09 0.03 1.03 0.11 1.95 1.06 0.13 0.05 1.00 0.13 0.11 1.00 0.09 0.03 2.89 0.08 0.95 0.09 1.03 1.02 1.05 1.07 0.08 0.12 2.81 0.08 0.08 1.00 1.07 0.07 0.05 1.86 0.12 0.98 0.06 2.00 0.11 1.02 0.11 0.08 1.88 0.13 1.03 0.13 0.98 0.15 0.11 1.03 1.03 1.04 0.18 0.98 0.13 0.15 1.04 0.11 1.01 0.13 0.06 1.01 0.06 1.02 0.08 0.99 0.14 0.99 0.09 0.05 1.09 0.04 0.07 2.96 0.09 2.03 0.13 2.96 1.13 0.08 1.03 0.07 0.99 0.11 0.05 1.05 1.04 0.09 0.07 1.00 1.03 0.09 0.06 1.06 1.04 2.94 0.18 0.06 0.93 0.10 1.10 0.11 2.02 0.17 1.00 1.03 0.06 0.11 0.96 0.04 3.00 0.11 0.07 1.99 0.10 2.03 0.12 0.97 0.16 0.01 2.09 0.14 1.04 0.16 0.06 1.03 0.14 1.12 0.12 0.05 0.96 1.01 0.10 0.14 0.94 0.03 0.12 1.10 0.92 0.09 1.10 1.04 1.02 0.12 0.97 2.00 0.15 1.08 0.04 1.03 1.04 0.03 0.09 5.16 1.02 0.09 0.13 2.66 0.09 0.05 1.06 0.07 0.89 0.05 0.12 1.10 0.16 0.06 1.01 0.13 1.00 0.14 0.98 0.09 2.92 1.28 0.03 2.95 0.98 0.16 0.08 0.95 0.96 1.09 0.08 1.07 1.01 0.16 0.06 4.52 0.12 1.03 0.07 0.09 1.03 0.14 0.03 1.01 1.99") self.assertEqual(flow2_trimmed.Bases, "tcagAGACGCACTCAATTATTTCCATAGCTTGGGTAGTGTCAATAATGCTGCTATGAACATGGGAGTACAAATATTCTTCAAGATACTGATCTCATTTCCTTTAGATATATACCCAGAAGTGAAATTCCTGGATCACATAGTAGTTCTATTTTTATTTGATGAGAAACTTTATACTATTTTTCATAA")