Python bed 예제들

예제 #1

파일: posmap.py 프로젝트: linlifeng/jcvi

def pairs(args):
    """
    See __doc__ for set_options_pairs().
    """
    import jcvi.formats.bed

    p = set_options_pairs()

    opts, targs = p.parse_args(args)

    if len(targs) != 1:
        sys.exit(not p.print_help())

    frgscffile, = targs
    bedfile = bed([frgscffile])
    args[args.index(frgscffile)] = bedfile

    return jcvi.formats.bed.pairs(args)

예제 #2

파일: blast.py 프로젝트: ascendo/jcvi

def pairs(args):
    """
    See __doc__ for OptionParser.set_pairs().
    """
    import jcvi.formats.bed

    p = OptionParser(pairs.__doc__)
    p.set_pairs()
    opts, targs = p.parse_args(args)

    if len(targs) != 1:
        sys.exit(not p.print_help())

    blastfile, = targs
    bedfile = bed([blastfile])
    args[args.index(blastfile)] = bedfile

    return jcvi.formats.bed.pairs(args)

예제 #3

def pairs(args):
    """
    See __doc__ for OptionParser.set_pairs().
    """
    import jcvi.formats.bed

    p = OptionParser(pairs.__doc__)
    p.set_pairs()
    opts, targs = p.parse_args(args)

    if len(targs) != 1:
        sys.exit(not p.print_help())

    blastfile, = targs
    bedfile = bed([blastfile])
    args[args.index(blastfile)] = bedfile

    return jcvi.formats.bed.pairs(args)

예제 #4

def pairs(args):
    """
    See __doc__ for set_options_pairs().
    """
    import jcvi.formats.bed

    p = set_options_pairs()

    opts, targs = p.parse_args(args)

    if len(targs) != 1:
        sys.exit(not p.print_help())

    casfile, = targs
    bedfile = bed([casfile])
    args[args.index(casfile)] = bedfile

    return jcvi.formats.bed.pairs(args)