def pairs(args):
"""
See __doc__ for set_options_pairs().
"""
import jcvi.formats.bed
p = set_options_pairs()
opts, targs = p.parse_args(args)
if len(targs) != 1:
sys.exit(not p.print_help())
frgscffile, = targs
bedfile = bed([frgscffile])
args[args.index(frgscffile)] = bedfile
return jcvi.formats.bed.pairs(args)
def pairs(args):
"""
See __doc__ for OptionParser.set_pairs().
"""
import jcvi.formats.bed
p = OptionParser(pairs.__doc__)
p.set_pairs()
opts, targs = p.parse_args(args)
if len(targs) != 1:
sys.exit(not p.print_help())
blastfile, = targs
bedfile = bed([blastfile])
args[args.index(blastfile)] = bedfile
return jcvi.formats.bed.pairs(args)
def pairs(args):
"""
See __doc__ for OptionParser.set_pairs().
"""
import jcvi.formats.bed
p = OptionParser(pairs.__doc__)
p.set_pairs()
opts, targs = p.parse_args(args)
if len(targs) != 1:
sys.exit(not p.print_help())
blastfile, = targs
bedfile = bed([blastfile])
args[args.index(blastfile)] = bedfile
return jcvi.formats.bed.pairs(args)
def pairs(args):
"""
See __doc__ for set_options_pairs().
"""
import jcvi.formats.bed
p = set_options_pairs()
opts, targs = p.parse_args(args)
if len(targs) != 1:
sys.exit(not p.print_help())
casfile, = targs
bedfile = bed([casfile])
args[args.index(casfile)] = bedfile
return jcvi.formats.bed.pairs(args)
