def pairs(args): """ See __doc__ for set_options_pairs(). """ import jcvi.formats.bed p = set_options_pairs() opts, targs = p.parse_args(args) if len(targs) != 1: sys.exit(not p.print_help()) frgscffile, = targs bedfile = bed([frgscffile]) args[args.index(frgscffile)] = bedfile return jcvi.formats.bed.pairs(args)
def pairs(args): """ See __doc__ for OptionParser.set_pairs(). """ import jcvi.formats.bed p = OptionParser(pairs.__doc__) p.set_pairs() opts, targs = p.parse_args(args) if len(targs) != 1: sys.exit(not p.print_help()) blastfile, = targs bedfile = bed([blastfile]) args[args.index(blastfile)] = bedfile return jcvi.formats.bed.pairs(args)
def pairs(args): """ See __doc__ for set_options_pairs(). """ import jcvi.formats.bed p = set_options_pairs() opts, targs = p.parse_args(args) if len(targs) != 1: sys.exit(not p.print_help()) casfile, = targs bedfile = bed([casfile]) args[args.index(casfile)] = bedfile return jcvi.formats.bed.pairs(args)