Esempio n. 1
0
def install_data_rsync(config_source):
    """Install data using pre-existing genomes from Galaxy rsync servers.
    """
    _check_version()
    genomes, genome_indexes, config = _get_genomes(config_source)
    genome_indexes += [x for x in DEFAULT_GENOME_INDEXES if x not in genome_indexes]
    genome_dir = _make_genome_dir()
    galaxy.rsync_genomes(genome_dir, genomes, genome_indexes)
Esempio n. 2
0
def install_data_rsync(config_source):
    """Install data using pre-existing genomes from Galaxy rsync servers.
    """
    _check_version()
    genomes, genome_indexes, config = _get_genomes(config_source)
    genome_indexes += [x for x in DEFAULT_GENOME_INDEXES if x not in genome_indexes]
    # Galaxy stores FASTAs in ucsc format and generates on the fly
    if "ucsc" not in genome_indexes:
        genome_indexes.append("ucsc")
    genome_dir = _make_genome_dir()
    galaxy.rsync_genomes(genome_dir, genomes, genome_indexes)